เนื่องจากมูลนิธิฯได้รับอนุมัติให้จัดตั้งเป็นองค์การสวัสดิภาพเด็กที่สามารถให้การช่วยเหลือเด็กตามกระบวนการทำงาน ภายใต้กฎหมายบุตรบุญธรรมและกฎหมายที่เกี่ยวข้องตั้งแต่เริ่มก่อตั้งมูลนิธิฯ งานด้านสวัสดิภาพเด็ก จึงถือเป็นงานหลักที่สำคัญอย่างหนึ่ง มีกรรมการอำนวยการฯซึ่งได้รับมอบหมายให้เป็นผู้รับผิดชอบบริหารงานประจำองค์การสวัสดิภาพเด็ก และนักสังคมสงเคราะห์ปฏิบัติงานด้านนี้ ตามเกณฑ์มาตรฐานของกรมกิจการเด็กและเยาวชน กระทรวงพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์
งานด้านสวัสดิภาพเด็ก เป็นการช่วยเหลือเด็กกำพร้าและเด็กที่ถูกทอดทิ้ง หรือเด็กที่บิดามารดาและครอบครัวผู้ให้กำเนิดเสียชีวิต หรือไม่สามารถให้การเลี้ยงดูได้และมอบให้มูลนิธิฯ โดยมูลนิธิฯจะจัดหาครอบครัวที่เหมาะสมให้แก่เด็ก รวมทั้งการช่วยเหลือทางสังคมสงเคราะห์แก่เด็กที่ได้รับผลกระทบจากภัยพิบัติ และเด็กที่อยู่ในภาวะยากลำบาก นอกจากนี้มูลนิธิฯยังให้การช่วยเหลือเด็กที่ครอบครัวให้การเลี้ยงดูไม่เหมาะสม หรือถูกกระทำทารุณ ซึ่งคณะทำงานเกี่ยวกับเด็กที่สงสัยถูกกระทำทารุณและถูกทอดทิ้ง [SCAN team = Suspicion of Child Abuse and Neglect] และฝ่ายสวัสดิการสังคมของโรงพยาบาลจุฬาลงกรณ์ส่งมา รวมทั้งให้คำแนะนำและร่วมประเมินทางด้านสังคมสงเคราะห์เวลาที่บิดามารดาหรือครอบครัวมาเยี่ยมเด็ก ซึ่งเป็นงานด้านการคุ้มครองสวัสดิภาพเด็กที่ต้องการความละเอียดอ่อนเชิงคุณภาพมากยิ่งขึ้น
ในการช่วยเหลือเด็กดังที่กล่าวมานี้ การดำเนินงานของฝ่ายสวัสดิภาพเด็กจึงแบ่งเป็นงานด้านต่างๆ ที่สำคัญดังนี้
- งานติดตามบิดามารดาและครอบครัวผู้ให้กำเนิด
- งานบุตรบุญธรรม
- งานติดตามบิดามารดาหรือครอบครัวผู้ให้กำเนิดให้แก่เด็กภายหลังได้รับการอุปการะเป็น บุตรบุญธรรม
- งานให้ความช่วยเหลือเด็กกำพร้าจากภัยพิบัติ
